1939年10月19日，時(shí)任中國佛教會(huì)主席的圓瑛在上海被數(shù)十名持槍日本兵逮捕，罪名是“抗日分子”。

抗戰(zhàn)期間，圓瑛為抗日愛國傾注大量心血。盧溝橋事變后，圓瑛緊急號(hào)召全國佛教教徒參加抗日救亡工作，組織成立僧侶救護(hù)隊(duì)，頂著前線的槍林彈雨搶救傷兵。

1937年冬天，淪陷后的上海滿目瘡痍、尸橫遍野。面對日軍收埋遺體者殺頭的恐嚇，圓瑛挺身而出，組織僧眾成立陣亡戰(zhàn)士掩埋隊(duì)，每天出動(dòng)四輛汽車，將陣亡將士的遺體送到郊外掩埋，晝夜不停，用了3個(gè)多月時(shí)間，總計(jì)掩埋尸體一萬多具。

期間，圓瑛兩度下南洋，向華僑募捐。在籌款演講中，他飽含深情地說：“最后勝利，定屬吾人也！……人心不死，國族不忘；不但不忘，實(shí)為民族復(fù)興，國家光榮之希望。”

至1939年止，圓瑛總計(jì)募得10萬余元（銀元），并陸續(xù)匯往上海，充當(dāng)抗日經(jīng)費(fèi)。在第二次募捐回國途中，友人提醒說，圓瑛已被日軍盯上，回國必有風(fēng)險(xiǎn)。可圓瑛處之淡然，并未改變計(jì)劃。

回國后，日軍對圓瑛的關(guān)押持續(xù)了28天。面對敵人拋出的“中日佛教協(xié)會(huì)會(huì)長”誘餌和刑訊折磨，圓瑛閉目念佛，絕食抗?fàn)帲词贡粯岉斨靥?，仍置生死于度外。一同被捕的弟子后來在詩中贊頌圓瑛“履險(xiǎn)若夷為愛國……巧把地獄當(dāng)佛宮?！?/p>

“若無愛國心，則失國民資格……圓瑛雖居僧界，為佛教之信徒，究竟同是國民一份子?！?/strong>圓瑛在《國民應(yīng)盡天職》一文中這么說。

1949年5月，圓瑛婉拒南洋佛教界摯友同道的出國邀請。他立誓說：“我生在中國，長在中國，死在中國，決不他往。”堅(jiān)持留在國內(nèi)，迎接上海解放與新中國誕生。